TCGA癌症临床信息资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2021-10-20 09:08 来源：嘉峪关妇科医院

2006年，腺乳癌线粒体三幅谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形连续性中空母线粒体肿（GBM）、呼吸系统粒状线粒体腺癌（LUSC）和卵巢浆液连续性囊腺腺癌（OV）开始年末末3年的试点项目，2009年~2015年年初展开。到项目月份，TCGA网络分析工作过者已描述了33种腺乳癌多种类型10,000余亦然得病征的分子会相似连续性，并假定了很多分子会HIV-。TCGA包含的诊疗关键相似连续性象征连续性在野化的统计数字数据搜罗。为确保自始确运可用这些颇具线粒体相似连续性的一个大诊疗统计数字数据，近期TCGA未完成一批重大成果，发请注意在CellPress旗下的学术期刊。

本文对4年末5日发请注意Cell上的一文展开编译。评论揭示以OS（总猎食期）、PFI（无的发展每条）、DFI（生每条）和DSS（传染得病就其只剩）为四个主要诊疗结果西端的TCGA在野腺乳癌诊疗统计数字数据人力资源（TCGA-CDR）基准化统计数字数据库系统，并给显露了每种腺乳癌多种类型的西端运可用促请。TCGA诊疗统计数字数据可从线粒体统计数字数据共享生活空间（GDC）门户网站App，所有的分子会统计数字数据在App。诊疗统计数字数据和分子会统计数字数据运可用同样的条码结构，便于得病征的诊疗数据和结果显示分子会统计数字数据导入。

TCGA在野腺癌统计数字数据库系统函数调用相似连续性

三幅1A为诊疗统计数字数据导入和分析方法有方法有及4个主要诊疗西端衍生和安全连续性评估的三幅亦然,对33份初始申领和97份原先统计数字数据文件，共33种腺乳癌多种类型111,60亦然腺乳癌得病征的数据展开了管控。请注意1为每个TCGA函数调用的基本相似连续性。按原发结果显示根据分子会相似连续性选入每个函数调用，毛发黑色素肿（SKCM）的原发和转到炊两种多种类型都有，其它极不算数的原发与转到多种类型也有分析。

三幅1. 诊疗统计数字数据导入和分析方法有方法有及4个主要诊疗西端衍生和安全连续性评估三幅亦然

请注意1. TCGA 在野腺癌函数调用相似连续性

诊疗结果西端OS、PFI、DFI和DSS

总猎食期（OS）很重要，优点是假定OS暴力事件时模糊连续性最低。但运可用OS作过西端也许削弱诊疗分析，因为非腺癌得病因都是能反映显露分子生物学、侵入连续性或对治疗法纾缓。运可用OS或需更长的随访短时间；很多诊疗试验中所，往往采用来得之下随访短时间较长的DFI或PFI。针对原先TCGA诊疗统计数字数据，要认识到短时诊疗随访每条在侵入连续性腺乳癌多种类型结果的重要连续性，因为也许几年内就通过观察到诊疗暴力事件，在临死前亡前所已消失得病情入院或的发展。对侵入连续性较弱的腺乳癌多种类型，得病征在数十乃至几十年后入院，随访期间也许无法通过观察足够暴力事件以支持有效部将结果供断定。该分析方法有的意在是安全检查TCGA在野腺癌诊疗样品的来得之下优势和缺乏，指导今后的分析方法有和避免随访时长缺乏等缺陷。

分析方法有全部TCGA诊疗统计数字数据后，结论如下：在统计数字数据可授予时，OS、PFI及DFI来得之下精确，但相当多前提只能大左右DSS。三幅1B为33种有所不同腺乳癌多种类型的OS K-M椭圆。尽管猎食分析方法有不是TCGA主要期望，相当多腺乳癌多种类型猎食椭圆与即使如此安全连续性评估相同猎食西端的独立分析略有不同，GBM、OV（2008, 2011）和低分级中空肿（LGG）（2015）的TCGA结果就是众所周知亦然证。PFI、DFI和DSS的K-M椭圆见三幅1C–1E。

三幅1 B-E诊疗统计数字建模方法有

基于每种腺乳癌多种类型4个西端的通过观察短时间计算大左右随访短时间及暴力事件或安全检查的中所位短时间（请注意2）。所有的中所位随访短时间为22.1个年末，但有所不同多种类型腺乳癌该短时间歧异更大；GBM和急连续性髓系白血得病（LAML）最短左右12个年末，而肾嫌色线粒体腺癌（KICH）长达左右48个年末。

请注意2 总体中所位随访短时间及4个西端的暴力事件与通过观察中所位短时间

力荐运可用的诊疗结果西端

诊疗结果西端选择取决于分析期望、暴力事件数目、函数调用较小和结果统计数字数据恒星质量。将这些方法有和开发的其它方法有作过为对单个传染得病统计数字数据库系统的试验和补充安全检查，给显露在每种传染得病多种类型中所运可用每个结果西端的促请及理由（请注意3）。每种腺乳癌多种类型的猎食西端必需至不算通过一个主要试验和补充安全检查才被接受。33种腺癌中所的13种运可用全部4个西端：十二指肠尿路上皮腺癌（BLCA）、乳头状粒状线粒体腺癌（CESC）、结肠腺癌（COAD）、食管腺癌（ESCA）、细弱粒状线粒体腺癌（HNSC）、肾状线粒体腺癌（KIRP）、呼吸系统腺腺癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺腺癌（PAAD）、肉肿（SARC）、肺腺腺癌（STAD）和子宫内膜腺癌（UCEC）。反之亦然，没有人一个西端的有嗜铬线粒体肿和副神经肿（PCPG）。上皮细胞弥漫大B线粒体上皮细胞肿（DLBC）、LAML和胸腺肿（THYM）极少一个西端；剩余腺乳癌多种类型2或3个西端，但其中所一些持看法。最有效部将的是PFI，可无保留地力荐给除LAML（无统计数字数据）、DLBC和KICH（轻部将运可用）和PCPG（不力荐）均的4种。

请注意3 西端OS,PFI,DFI及DSS的安全连续性评估与力荐运可用

可验证TCGA-CDR及犯罪行为广在野应用

在乳腺腺癌分析中所，雌激素ER阴连续性得病征诊疗猎食期病状比ER+得病征欠。分别用OS、PFI、DFI和DSS比起这两类得病征的猎食期（三幅3A–3D；椭圆月份于10年随访短时间，但运可用整个统计数字数据库系统展开分析方法有）。单理由分析方法有结果显示，运可用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）作过为诊疗西端，TCGA中所ER+乳腺腺癌得病征比ER-得病征有更快的猎食期，但运可用OS时两类得病征间不近十年存在歧异(p = 0.097) 。此均，两类得病征的DSS（p = 0.009）有并不大歧异，请注意明DSS的潜在价差值。以上推断显露属实了PFI和DFI是特定多种类型乳腺腺癌分子会分析的合适西端。

三幅3 可验证和广在野应用实亦然

此均还可验证了侵入连续性GBM猎食结果西端。TCGA中所GBM中所位OS为12.6个年末，介于先前所报道的基准治疗法的12.1个年末和基准治疗法联合替莫唑胺的14.6个年末间。中所位PFI是6.1个年末，介于先前所报道的基准治疗法5个年末和基准治疗法联合替莫唑胺的6.9个年末间。只不过，TCGA统计数字数据库系统OS和PFI暴力事件短时间与文献一致。之后印证OS和PFI作过为GBM分子会分析的诊疗西端效度。

用Cox数目安全连续性复出仿真确定高期（III、IV期）来得之下低期（I、II期）腺乳癌得病征的安全连续性比（HR），可验证4个西端的TCGA-CDR统计数字数据。由于DFI假定与其它结果的假定不一致，对力荐运可用OS、PFI和DSS的14种多种类型腺乳癌比起logHR（请注意3）。随后极少对实现Cox数目安全连续性结论的传染得病展开统计数字（三幅3E–3G）。结果显示，14种多种类型腺乳癌中所，除间皮肿（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素肿（UVM）均，高期对比低期HR在3个力荐西端OS、PFI及DSS上明显偏高。采用一组结果显示的Wilcoxon秩和检验，当运可用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有并不大歧异，结果显示传染得病的发展和猎食西端在HR上近十年存在系统偏移；OS与DSS间没有人并不大歧异（p = 0.106）。对2个logHR差值的基准误展开逆加权大左右确定Pearson基准欠，由logHR大左右的3种结果有极并不大自始就其：PFI和OS基准欠0.96（95%标准差[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%标准差：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%标准差：0.61–0.98）。这些就其连续性潜在支持诊疗早期用PFI，后期用OS和DSS做西端。

除了导入分子会统计数字数据，还在此之后分析方法有首次治疗法后生得病征与非生得病征是否消失有所不同的新暴力事件。TCGA-CDR中所29类腺乳癌电子邮件可用解决该问题，归属于得病征从病因到未完成首治并降到生状态至不算只剩3个年末。以LUSC为亦然，有289亦然生得病征和41亦然近十年非生得病征，NTE部将则有21.8%和68.2%。用Cox数目安全连续性复出仿真，推断显露在非生得病征中所NTE安全连续性并不大略高于生得病征（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变更q差值＜0.05）。在另均21种腺乳癌多种类型中所也有类似于结果（请注意4）。余下7种中所没有人通过观察到这些歧异。我们也在安全连续性评估是否每个仿真都实现数目安全连续性结论，其中所有两个不相一致，必需分析短时间缺少及多给定仿真来寻找理由。

请注意4 非生与生得病征NTE发展对比

TCGA从全球数百个线路搜罗确诊，为解决诊疗统计数字数据有所不同线路间的可比连续性，需重新考虑统计数字数据完整连续性、和得病征相似连续性等。对每种传染得病而言，我们对比了前所两名缺少确诊数最多的的组织举亦然来说线路（TSS）与所有其它TSS的同种传染得病及4个结果西端（请注意5）。

请注意5 对来自前所两位TSS的每个腺乳癌多种类型分析结果展开比起

对于GBM等极颇具侵入连续性的，前所两位TSS（#1和#2）的中风许多人与其它TSS来得类似于的有OS、PFI和DSS，因暴力事件太不算难以分析方法有不力荐DFI做西端。BRCA等较低侵入连续性，强力力荐运可用PFI和DFI，但促请轻部将用OS或DSS安全连续性评估。TSS #1的诊疗统计数字数据诱发极好的OS和DSS，但没有人通过观察到PFI歧异；另均，请注意面上TSS#1有更快的DFI结果，极少消失3亦然 DFI暴力事件。这种请注意里不一的现象请注意明该线路的结果统计数字数据需更进一步安全连续性评估。另一方面，TSS #2的4个西端结果与其它地方一致。

这个并不简单的结果比起请注意明，当从特定结果分析方法有连续性TCGA的诊疗统计数字数据时，必需重新考虑TSS的颇具体电子邮件。由于年龄组、分期/基准及治疗法等理由影响有所不同TSS患得病许多人的西端结果，TSS可以作过为这些和不只不过诊疗编者等其它未测量歧异的替代。

潜在的群集理由、竞争者结果的

安全连续性及仿真结论

对诊疗猎食西端分析方法有来说，促请运可用所管控的全部诊疗统计数字数据。但来得分子会/线粒体统计数字数据的导入分析方法有，要忽略两个方面。首先，力荐看法基于基线猎食仿真，以分子会HIV-作过预见表征区分结果显示集，也许会破坏结果统计数字的并不大连续性歧异。因此，从互就其联的TCGA分子会统计数字数据或HIV-TCGA-CDR结果统计数字数据中所得显露的结论需在独立的统计数字数据库系统中所更进一步属实。

第二，我们促请极少运可用原发的分子会统计数字数据，因为得病征初诊时，重要短时间电子邮件等最并不简单的诊疗统计数字数据已搜罗来得之下完整。毛发黑色素肿（SKCM）在TCGA多种类型中所并不特殊，470亦然中所极少103亦然原发，其余296亦然为原发局部腹腔转到，68亦然操作过者转到。这与很不算搜罗到转到肿的其它TCGA腺乳癌多种类型形成鲜明对比。SKCM转到肿很不算颇带有最并不简单的原发，而其它TCGA腺乳癌多种类型尽管很不算有转到肿，但都颇带有最并不简单的原发结果显示。因此，对于SKCM结果的就其连续性，促请只运可用有限数目的原发确诊，尽管SCKM腹腔转到的III期确诊可作过为独立则有展开分析。

在运可用新导入的TCGA-CDR统计数字数据库系统时，还必需忽略：潜在混淆理由、竞争者结果的安全连续性及仿真结论。

群集理由

群集理由近十年存在但被排除在仿真之均时，偏移也许高估或远超过确实。如在乳腺腺癌的种族歧异分析中所，白人与黑人得病征间近十年存在重要的基因请注意达歧异，然而根据分子会HIV-展开变更后，这种歧异并不大减不算甚至消失。治果也是潜在的群集理由，当电子邮件可获取时应适当重新考虑变更。治疗法未被发现时，年龄组、救治该医院及病因年月等基准治疗法作过为替代电子邮件能减不算部分误欠。对这方面的执行者建模，鼓励运可用标志物病状分析促请通报（REMARK）。

竞争者结果的安全连续性

精确测量DSS、DFI和PFI西端时，要对没有人年中重要暴力事件且生的临死前亡得病征展开审查。在这种前提，如果结论得病征没有人其它得病因，那她/他再度仍也许临死前于腺乳癌指征。然而，在大左右治疗法等预见表征对继发连续性腺乳癌或心血管传染得病等非指数腺乳癌临死前亡安全连续性的预见灵活性时，该结论并不可取。

仿真结论

广在野应用Cox数目安全连续性（PH）仿真才会安全检查PH结论。除不算数犯罪行为均，大相当多仿真都实现Cox PH结论，但需更进一步探索这些得病患以找显露违背结论的理由，从而对HR得显露结论更有效部将的大左右。尽管已经为清理统计数字数据和找显露无论如何了不小努力，但仍近十年存在重要的运可用左右束，访问期间TCGA诊疗统计数字数据都才会明了这些左右束。

首先，TCGA主要是为分子会分析设计，原本确诊选择来自多个机构颇带有合适库存的组织的未治疗法原发确诊，因此这些确诊不构成连续连续性。此均，对于每种有所不同多种类型/分析，随访统计数字数据没有人独立搜罗。同时，诊疗统计数字数据搜罗的一些的系统在即使如此暂时随着短时间的推移而扭转。TCGA - CDR不包含腺乳癌治疗法文化史，并非所有确诊都被编者。因此，分析方法有特定多种类型或HIV-的治疗法着重优于简述连续性在野腺癌分析方法有。当得病征展开颇具体治疗法时，受惠能用DFI和PFI西端有效分析方法有。

其次，TCGA结果显示诊疗随访根据当地药房的短时间请注意，也许为传染得病或特定部位的入院和得病人重要生命状态的据信，因此没有人TCGA原则上的诊疗随访计划，极少给显露项目主要突显的分子会相似连续性。

最后，却是所有TCGA授予的结果显示和线粒体及分子会统计数字数据来自新诊得病征原发的单个切片，由此诱发的线粒体和分子会统计数字数据不能在生活空间或短时间任何方面明确捕获象征连续性另一得病征结果给定的系统连续性。该问题不是TCGA独有的，任何静态原发连续性分析都近十年存在。